SK Batu Kikir ditubuhkan pada tahun1956 yang dahulunya dikenali sebagai Standard Type Primary School yang sekolah aliran Inggeris yang pertama di Daerah Jempol.
SK Batu Kikir didirikan di atas sebidang tanah (no. lot 2778/hak milik Rezab Sekolah) yang telah diwakafkan oleh adik Pendita Za’ba iaitu Encik Yusuf bin Ahmad seluas 5 ekar. Tapak ini pada awalnya ditanam dengan pokok getah.
Pada awalnya jumlah pelajarnya hanya 139 orang yang terdiri daripada berbilang kaum. Pada tahun 1965, wujud pula Sekolah Menengah Inggeris yang pertama di Daerah Jempol yang berkongsi bangunan dengan Standard Type Primary School. Bangunan di hadapan untuk pelajar rendah sementara 2 blok dibelakang untuk sekolah menengah.
Kejayaan yang sukar dilupakan dan disebut-sebut hingga ke hari ini, pada tahun 1982 sekolah ini mendapat kejayaan yang cemerlang dalam Peperiksaan Penilaian membanggakan kita semua hasil daripada kegigihan, dedikasi dan kesungguhan guru-guru berkhidmat kapada masyarakat sekitarnya. Selain pencapaian cemerlang dalam bidang akademik, sekolah juga melahirkan tokoh-tokoh sukan yang berjaya mengharumkan nama sekolah dan menaikkan nama sekolah hingga ke peringkat kebangsaan. Sebagai contohnya, sekolah ini pernah menjadi johan Peringkat Negeri Sembilan dalam Kejohanan Bola Sepak bawah 12 tahun, bola jaring dan hoki.
Bersesuaian dengan Falsafah Pendidikan Kebangsaan, Sekolah Kebangsaan Batu Kikir mampu melahirkan pelajar-pelajar yang seimbang dari segi intelek, rohani, sahsiah dan fizikal. Justeru itu, SK Batu Kikir telah menjadi tumpuan masyarakat setempat. Sekolah ini menjadi ‘pilihan utama’ untuk memberi pendidikan awal kepada anak-anak mereka.
Atas dasar perkembangan pendidikan pada masa itu kerajaan mengambil keputusan untuk menukarkan Batu Kikir Standard Type Primary School kepada aliran Melayu sepenuhnya dan kemudian dikenali sebagai ‘Sekolah Kebangsaan Batu Kikir’. Peristiwa itu berlaku pada tahun 1970 yang mana Sekolah Kebangsaan Batu Kikir kekal diasalnya. Sementara Secondary Primary School pula berpindah ke bangunan baru yang sekarang dikenali sebagai Sekolah Menengah Kebangsaan Batu Kikir (Model Khas).
